A história de Milagres remonta ao início do século XVIII, quando o colonizador Bento Correia Lima solicitou terras na região do riacho dos Porcos. A ocupação efetiva, no entanto, só ocorreu por volta de 1735, após o fim dos conflitos com os indígenas kariri, que resistiram à expansão colonial durante a chamada Guerra dos Bárbaros.
Além do gado criado solto nas matas e várzeas da região desde a década anterior, o Capitão Bento Correia Lima passou a instalar na localidade denominada Sítio Pilar uma sede de fazenda e um engenho de pau. Com isso, a região prosperou. Em 1740, ele doou à Sé de Olinda um terreno nas proximidades do Sítio Pilar para a construção de uma capela em honra a Nossa Senhora dos Milagres. Esse fato marcou a origem da povoação, que se desenvolveu rapidamente como centro econômico do Cariri, baseado principalmente na pecuária e na produção de açúcar, rapadura e cachaça.
Em 1745, uma seca se abateu sobre o sertão cearense e obrigou os colonos a se retirarem de suas sesmarias. O Capitão Bento Correia Lima escreveu ao rei Dom Pedro II de Portugal pedindo indenização pelas suas perdas em gado e cana devido à seca na região do riacho dos Porcos.
Em 1749, após quatro anos de relativo abandono, a povoação de Nossa Senhora dos Milagres voltou a interessar aos colonizadores, e a capela, que havia parcialmente desmoronado, foi reconstruída. Nas décadas de 1750 a 1770, a localidade ganhou novas fazendas de criação de gado e engenhos de rapadura.
Assim, ao longo do século XVIII e do início do XIX, Milagres consolidou-se como uma área rica, com grandes fazendas pertencentes a famílias influentes. Inicialmente subordinada a outras vilas, como Jardim e Crato, a localidade passou a reivindicar autonomia política na década de 1830, impulsionada por interesses econômicos e alianças políticas regionais.
Em 1842, Milagres foi elevada à categoria de freguesia e, em 17 de agosto de 1846, conquistou sua emancipação, tornando-se vila independente. Na segunda metade do século XIX, manteve sua importância econômica com a produção de gado, cana-de-açúcar e, posteriormente, algodão.
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de Milagres, por Resolução Régia de 01-04-1813, Ato Provincial de 18-03-1842 e pela Lei Provincial n.º 263, de 03-12-1842, subordinado ao município de Crato.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Milagres, pela Lei Provincial n.º 374, de 17-08-1846, desmembrado de Crato. Sede no núcleo de Milagres.
Por Ato Provincial de 27-03-1873, o distrito de São Pedro é criado e anexado ao município de Milagres.
Elevado à condição de cidade, com a denominação de Milagres, pelo Decreto Estadual n.º 31, de 25-07-1890.
Pela Lei n.º 257, de 20-09-1895, o município de Milagres adquire a extinta vila de Mauriti, como simples distrito.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município aparece constituído de 4 distritos: Milagres, Cuncas, São Pedro e Mauriti.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de I-IX-1920, o município é constituído de 5 distritos: Milagres, Cuncas, Mauriti, Santa Cruz e São Pedro.
Pela Lei Estadual n.º 2.211, de 28-10-1924, o distrito de Mauriti é desmembrado do município de Milagres. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 2.634, de 06-10-1928, o distrito de Mauriti é desmembrado do município de Milagres. Elevado novamente à categoria de município.
Pelo Decreto Estadual n.º 1.156, de 04-12-1933, os distritos de Mauriti e Santa Cruz são desmembrados do município de Milagres para constituírem o novo município de Mauriti. Sob o mesmo decreto, o distrito de Rosário é criado e anexado ao município de Milagres.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 4 distritos: Milagres, Cuncas, Rosário e São Pedro.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 31-XII-1936.
Pelo Decreto Estadual n.º 378, de 20-10-1937, o distrito de Barro é criado e anexado ao município de Milagres.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1937, o município é constituído de 5 distritos: Milagres, Barro, Cuncas, Rosário e São Pedro.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 448, de 20-12-1938, o distrito de São Pedro passa a denominar-se Pedro Segundo e o distrito de Rosário passa a denominar-se Podimirim.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 5 distritos: Milagres, Barro, Cuncas, Pedro Segundo (ex-São Pedro) e Podimirim (ex-Rosário).
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.114, de 30-12-1943, o distrito de Pedro Segundo passa a denominar-se Abaiara.
No quadro fixado para vigorar o período de 1944-1948, o município é constituído de 5 distritos: Milagres, Abaiara (ex-Pedro Segundo), Barro, Cunca e Podimirim.
Pela Lei Estadual n.º 1.153, de 22-11-1951, os distritos de Barro e Cuncas são desmembrados de Milagres para constituírem o novo município de Barro.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 3 distritos: Milagres, Abaiara e Podimirim.
Pela Lei Estadual n.º 3.921, de 25-11-1957, o distrito de Abaiara é desmembrado de Milagres. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 2 distritos:
Milagres e Podimirim.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1995.
Pela Lei Municipal n.º 911, de 30-09-1997, o distrito de Podimirim passa a denominar-se Rosário.
Em divisão territorial datada de 2005, o município é constituído de 2 distritos: Milagres e Rosário (ex-Podimirim).
Em divisão territorial datada de 2019, o município é constituído de 5 distritos: Milagres, Rosário, Café da Linha, Fronteiro e Padre Cícero.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2025.