Quase dois séculos depois do descobrimento do Brasil, em 1680, o maciço de Baturité foi alcançado pela primeira vez. Estevão Velho de Moura e mais seis indivíduos oriundos do Rio Grande do Norte conseguiram do Capitão-mor Sebastião Sá uma extensão de terra sobre o rio Choró. Eram 126 quilômetros, alcançando grande parte da atual microrregião de Baturité.
Apesar disso, as terras do maciço continuaram sem uma efetiva ocupação até 1718, quando Manuel Duarte da Cruz ocupou a região atualmente denominada de Aracoiaba. Vindos do sertão de Canindé, em 1738, Teodósio de Pina e Inácio Loiola Leitão ocuparam a região da atual Aratuba. Em 1740, os irmãos Arnáu, Sebastião e Cristovão Holanda habitaram temporariamente a serra, e Manuel Ferreira da Silva resolveu transferir-se em definitivo para a região. Os descendentes desses pioneiros foram os responsáveis pelo povoamento inicial e hoje, muitos deles ainda são proprietários de sítios em Aratuba, Guaramiranga, Mulungu e Pacoti.
Ao iniciar-se o século XIX, todo o solo do maciço já possuía proprietários. Parte do maciço desenvolveu a plantação de algodão, e a região teve uma rápida expansão econômica.
A origem de Pacoti, especificamente, remonta a um sítio denominado Pendência que, produzindo cana e café, formou-se povoado na segunda metade do século XIX. Em 1890, emancipou-se, passando a adotar o nome do rio em cujas margens floresceu como cidade: Pacoty, do tupi “rio das bananeiras”.
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de Pendência, por Lei Provincial de 14-02-1863.
Elevado à condição de sede com a denominação de Nossa Senhora da Conceição de Pendência, pela Lei Provincial n.º 2.113, de 15-12-1885.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Pacoti, pelo Decreto Estadual n.º 56, de 02-09-1890. Instalado em 25-10-1890.
Pela Lei Estadual n.º 556, de 25-08-1890 a vila é extinta e seu território é anexado ao município de Baturité.
Elevado novamente à categoria de município com a denominação de Pacoti, pela Lei n.º 672, de 30-08-1901, desmembrado do município de Baturité.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de distrito sede.
Por Ato Municipal de 16-08-1918, o distrito de Santana é criado e anexado ao município de Pacoti.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de I-IX-1920, o município aparece constituído de 3 distritos: Pacoti, Campos Belos e Santana.
Pelo Decreto Estadual n.º 193, de 20-05-1931, o município é extinto, sendo seu território anexado ao município de Baturité, como simples distrito.
Os distritos de Campos Belos e Santana são transferidos para o município de Canindé.
Elevado novamente à categoria de município com a denominação de Pacoti, pela Lei n.º 1.156, de 04-12-1933, desmembrado do município de Baturité. Constituído de 2 distritos: Pacoti e Santos Dumont (ex-Coité).
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 7 distritos: Pacoti, Guaramiranga, Lameirão, Mulungu, Pernambuquinho, Pindoba, Santos Dumont e Pernambuquinho, todos desmembrados do município de Baturité.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto n. 448, de 20-12-1938, os distritos de Lameirão e Pindoba são extintos, sendo seus territórios anexados aos distritos de Mulungu e Santos Dumont, respectivamente.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 5 distritos: Pacoti, Guaramiranga, Mulungu, Pernambuquinho e Santos Dumont.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.114, de 30-12-1943, o distrito de Santos Dumont passa a denominar-se Aratuba.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 5 distritos: Pacoti, Aratuba (ex-Santos Dumont), Guaramiranga, Mulungu e Pernambuquinho.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1955.
Pela Lei Estadual n.º 3.556, de 14-03-1957, o distrito de Mulungu é desmembrado do município de Pacoti. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 3.563, de 29-03-1957, o distrito de Aratuba é desmembrado do município de Pacoti. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 3.679, de 11-07-1957, os distritos de Guaramiranga e Pernambuquinho são desmembrados do município de Pacoti para constituir o novo município de Guaramiranga.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 31-XII-1963.
Pela Lei Estadual n.º 7.269, de 27-05-1964, os distritos de Colina, Fátima e Santa Ana são criados e anexados ao município de Pacoti.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído de 4 distritos: Pacoti, Colina, Fátima e Santa Ana.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2025.