O território onde hoje se situa o município de Cruz originalmente era habitada por indígenas tremembés, sendo uma área conhecida e cartografada pelos portugueses no século XVII.
A primeira manifestação religiosa aconteceu em 20 de dezembro de 1884, com a inauguração da igreja de São Francisco. O paroquiato de São Francisco aconteceu em 17 de março de 1958, tendo como seu primeiro vigário o padre José Edson Magalhães.
O local foi reconhecido como distrito de Acaraú em 1958, por uma redivisão das terras dos então distritos de Aranaú e Jericoacoara. Em 1985, foi elevado à categoria de município, sendo desmembrado de Acaraú.
A denominação original do município era São Francisco da Cruz e, desde 1965, Cruz. O topônimo faz alusão a fatos que aconteceram às margens do rio Acaraú. Segundo a tradição oral, um povoado ali floresceu a partir de uma grande cruz fincada pelos moradores para homenagear um retirante que teria morrido durante a fuga da seca de 1825. Outra versão afirma que a cruz teria sido posta com o fim de indicar o lugar em que um homem fora assassinado, em uma emboscada, pelo próprio sogro, por questões de honra.
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de Cruz (ex-povoado), pela Lei Estadual n.º 4.440, de 30-12-1958, criado com terras pertencentes aos distritos de Aranaú e Jericoaracoara, subordinado ao município de Acaraú.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, Cruz é distrito de Acaraú.
Elevado à categoria de município com a denominação de São Francisco da Cruz, pela Lei Estadual n.º 6.956, de 19-12-1963, desmembrado de Acaraú. Sede no atual distrito de São Francisco da Cruz (ex-Cruz). Constituído do distrito sede.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído do distrito sede.
Pela Lei Estadual n.º 8.339, de 14-12-1965, o município de São Francisco da Cruz é extinto, sendo seu território anexado ao município de Acaraú.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, Cruz é distrito de Acaraú.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1983.
Elevado à categoria de município com a denominação de Cruz, pela Lei Estadual n.º 11.002, de 14-01-1985, desmembrado de Acaraú. Sede no antigo distrito de Cruz. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1986.
Pela Lei Estadual n.º 11.323, de 22-05-1987, o distrito de Caiçara é criado e anexado ao município de Cruz.
Em divisão territorial datada de 1991, o município é constituído de 2 distritos: Cruz e Caiçara.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2025.