As terras onde atualmente se encontra o município de Marco pertenciam a Santana do Acaraú. Elas eram provavelmente habitadas por indígenas tremembés, exímios nadadores, que estendiam seus domínios desde a ribeira do Acaraú até a Serra Grande. Eles foram aldeados nas proximidades de Camocim pelos jesuítas e, em 1702, se deslocaram para as praias do Acaraú. A ribeira era povoada ainda pelos aperiús, arariús e acriús. Em 1713, por ocasião da revolta do anacés, os acriús se rebelaram, e os moradores da ribeira se refugiaram na Ibiapaba.
O nome do município se deve ao marco que foi assentado meia légua ao sul do local onde hoje está situada a cidade e onde terminava a divisa das terras de Manuel de Góes, um dos primeiros moradores da ribeira do Acaraú, indicando o limite do território de Santana (hoje do Acaraú) com o município de Acaraú.
Com o tempo, o povoamento se consolidou à margem esquerda do rio Acaraú, em torno de uma capela dedicada a São Manuel, construída em 1870, que deu origem ao núcleo urbano.
O local foi elevado à condição de distrito em 1872, chamado de São Manuel do Marco, integrado a Santana do Acaraú. Em 1938, passou a vila com o nome simplificado de Marco. A freguesia foi criada em 1941, e, finalmente, o município foi instituído em 1951, com instalação em 1955, quando também passou à categoria de cidade.
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de São Manuel do Marco, por Ato Provincial de 21-10-1872 e por Lei Municipal de 05-04-1893, subordinado ao município de Santana.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município de São Manuel do Marco figura no município de Santana.
Pelos Decretos Estaduais n.º 193, de 20-05-1931, e 1.156, de 04-12-1933, o município de Santana passa a denominar-se Santana do Acaraú.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o distrito de São Manuel do Marco figura no município de Santana do Acaraú (ex-Santana).
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 448, de 20-12-1938,o município de Santana do Acaraú passa a denominar-se simplesmente Santana e o distrito de São Manuel do Marco passa a denominar-se Marco.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o distrito, já denominado Marco, figura no município de Santana (ex-Santana do Acaraú).
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.114, de 30-12-1943, o distrito de Marco permanece no município de Licânia (ex-Santana).
Elevado à categoria de município com a denominação de Marco, pela Lei Estadual n.º 1.153, de 22-11-1951, desmembrado de Licânia.
Sede no antigo distrito de Marco. Constituído de 2 distritos: Marco e Panacuí, ambos desmembrados do município de Licânia. Instalado em 25-03-1955.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 2 distritos: Marco e Panacuí.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 6.905, de 16-12-1963, o distrito de Panacuí é desmembrado do município de Marco. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído do distrito sede.
Pela Lei Estadual n.º 8.339, de 14-12-1965, o município de Marco adquire o extinto município de Panacuí, como simples distrito.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído de 2 distritos: Marco e Panacuí.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1991.
Pela Lei Municipal n.º 053, de 19-11-1994, o distrito de Mocambo (ex-povoado) é criado e anexado ao município de Marco.
Em divisão territorial datada de 1-VI-1995, o município é constituído de 3 distritos: Marco, Panacuí e Mocambo.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2025.