No local onde hoje se encontra a cidade, foi construída, ainda no início do século XVIII, uma capela dedicada a São João Batista do Jaguaribe. Em 1749, realizou-se a bênção de uma nova capela, erguida no lugar da anterior, que havia sido construída em taipa. Ao redor desse templo formou-se o núcleo inicial da povoação, com a construção das primeiras casas.
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de São João, pelo Ato Estadual de 05-10-1910, subordinado ao município de Limoeiro.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o distrito de São João figura no município de Limoeiro.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto Estadual n.º 169, de 31-03-1938, retificado pelo Decreto Estadual n.º 378, de 20-10-1938, o distrito de São João passou a denominar-se São João Jaguaribe.
Pelo Decreto Estadual n.º 448, de 20-12-1938, o distrito de São João do Jaguaribe volta a denominar-se São João.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o distrito, já denominado São João, figura no município de Limoeiro.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.114, de 30-12-1943, o distrito de São João passou a denominar-se Jandoim e o município de Limoeiro a denominar-se Limoeiro do Norte.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito de Jandoim (ex-São João) figura no município de Limoeiro do Norte (ex-Limoeiro).
Pela Lei Estadual n.º 1.153, de 22-11-1951, o distrito de Jandoim passou a denominar-se São João do Jaguaribe.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o distrito de São João do Jaguaribe (ex-São João) figura no município de Limoeiro do Norte (ex-Limoeiro).
Elevado à categoria de município com a denominação de São João do Jaguaribe, pela Lei Estadual n.º 3.813, de 13-09-1957, desmembrado de Limoeiro do Norte.
Sede no antigo distrito de São João do Jaguaribe.
Constituído do distrito sede. Instalado em 25-03-1959.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2025.